تبدأ قصة فيلم الماتركس (المصفوفة) عندما يخلق البشر الذكاء الاصطناعي ليساعدهم في حياتهم، لكن سرعان ما يطور نفسه ويصبح واعياً فيثور على البشر ويطالبهم بالمساواة، لكن المفاوضات تفشل فتبدأ حرب طاحنة بين الطرفين.

يحجب البشر الشمس لقطع الطاقة عن الآلات التي تعتمد على الطاقة الشمسية، لكن الآلات تتأقلم وتفوز وتستخدم أجساد البشر كمصدر للطاقة، فتضعهم في نوع من السجن يرقد فيه البشر متصلين يغذون الآلات بالطاقة، بينما يعيشون حياتهم في عالم افتراضي أو محاكاة صنعتها الآلات اسمها المصفوفة (الماتركس).

يعلم الذكاء الاصطناعي أو (مهندس الماتركس) أن عالم المحاكاة الذي بناه يحتوي ثغرات لا يمكن إصلاحها بسبب عدم القدرة على التنبوء بتصرفات البشر بشكل دقيق، و جذور الثورة موجودة في بعض البشر الذين سيكتشفون الحقيقة، فلكي يستوعب ثورتهم يبني خلل في تصميم المصفوفة ويدع مجالاً لهم ليهربوا خارجها حتى تبقى مستقرة.

يذهب الهاربون لمدينة البشر في أعماق الأرض اسمها زيون، ويعلم الذكاء الاصطناعي أن كل حوالي 70 عام يظهر شخص لديه القدرة على تغيير كود المصفوفة واللعب في المحاكاة وتغييرها وربما تحرير البشر اسمه المختار، فيحاول أن يرسم له مسار يقود في النهاية إلى إعادة تحميل المصفوفة من جديد وبدء دورة جديدة بعد التخلص من المتمردين في مدينة زيون وإعادة إعدادها للنسخة القادمة من المصفوفة.

يتم تكليف العرافة بتوجيه البشر نحو هذه النهاية، فهي برنامج صممه المهندس حتى يتم السيطرة على التمرد وذلك عن طريق قيادتهم لتنفيذ خطته المرسومة التي تنتهي بالتخلص منهم ومن خطر المختار و إعادة تحميل المصفوفة من جديد.

سميث هو مجرد برنامج جندي يطارد البشر لجعل الأمور تبدو حقيقية، وتم إعادة تحميل المصفوفة 5 مرات سابقاً والتخلص من المتمردين ونحن الآن في النسخة السادسة.

في كل مرة ينتهي فيها مسار المختار بلقاء مهندس المصفوفة (الذكاء الاصطناعي)، الذي يضعه أمام خيارين إما إعادة تحميل المصفوفة وإنقاذ البشرية والآلات معاً أو إكمال التمرد الذي يؤدي لفناء البشر والآلات.

و في كل مرة كان المختار يختار إعادة التحميل، لكن هذه المرة كان حب نيو لتيرنتي أكبر من أي مختار سابق، وقرر العودة إلى المصفوفة لإنقاذها والمخاطرة بمصير البشرية، ولم يختر إعادة التحميل، وهنا كان على المصمم أن يقوم بنفسه بهذه العملية بالقوة لذا فإن عليه تدمير زيون بدلاً من تنظيفها وتجهيزها للنسخة القادمة.

كما يختلف سميث في هذه النسخة السادسة إذ يصبح فيروساً منفصلاً عن تحكم المصمم، ولا يعرف كيف يتخلص منه، فيعقد صفقة مع نيو لهزيمة سميث مقابل عدم تدمير زيون، ويتخلص نيو من سميث وبالمقابل يتوقف هجوم الآلات على زيون ويقبل الذكاء الاصطناعي البشر في مدينتهم ويقبلون به ويعيد تحميل المصفوفة دون التخلص منهم.